Instalacja MWCMS wiąże się ze zmianą uprawnień katalogów na serwerze FTP. Aby automatycznie ustawić wymagane uprawnienia zapisu, należy podać dane do zestawienia połączenia z serwerem FTP, na którym znajduje się instalator MWCMS.

Login i hasło nie są w żaden sposób przechowywane ani przesyłane w inne miejsce. Służy to tylko i wyłącznie do zmiany uprawnień folderów MWCMS na potrzeby tej instalacji. Protokół FTP został użyty do tej operacji z powodu ograniczeń, jakie mogły zostać nałożone, np. PHP w trybie SAFE_MODE.
Zmiany uprawnień CHMOD można również dokonać samodzielnie za pomocą wybranego klienta FTP.

W celu poprawy bezpieczeństwa hasło do bazy danych nie jest już jawnie przechowywane w pliku configuration.php. Instalator automatycznie szyfruje hasło i w takiej postaci jest przechowywane w pliku konfiguracyjnym.